Molla Fenârî hazretleri, 1419 (H.822) yılında, ilk defâ Hicaz'a gidip hac yaptı. Hacdan dönerken, Mısır Sultânı Melik Müeyyid, Mısır'da kalarak ders vermesini ricâ etti. Bir müddet kalıp, ders okuttu. Birçok ulemâ ve evliyâ ile sohbet etmiş ve çeşitli meseleleri muhâsebe ve müzâkere etmişlerdir. Bu yolculuğu esnâsında Kudüs-i şerîfi de ziyâret etmişti. Çelebi Sultan Mehmed Hân dâvet edince, Bursa'ya geldi. Bu haccında Medîne-i münevverede iken, orada vefât eden büyük velî Şâh-ı Nakşibend'in halîfesi Muhammed Pârisâ'nın cenâze namazında bulundu. 1424 (H.828) yılında Sultan İkinci Murâd Hân, onu ilk şeyhülislâm olarak tâyin etti. Bu vazifeyi, adâlet ve hak üzere altı sene yaptı. Devletin mühim işlerinde, sultanlar ve devlet adamları kendisiyle istişâre ederek, ilminden ve isâbetli görüşlerinden istifâde etmişlerdi. Ders okutması yanında, fetvâ işlerini ve Bursa kadılığını da yürüten Molla Fenârî, bir mahkeme esnâsında, sultan Yıldırım Bâyezîd Hânın şâhidliğini dahî kabûl etmemiştir. Şöyle ki: Mahkemede dâvâ konusu olan bir hâdisenin şâhidi olarak pâdişâhın da dinlenmesi îcâbetmişti. Kâdı Molla Fenârî, huzûrunda duruşmaya çıkan Pâdişâhın şehâdetini, İslâmiyetin aradığı şâhidlik şartların dan biri kendisinde bulunmadığı için red etmişti. O da, namazlarda Pâdişâhın cemâatte görülmemesiydi. Çünkü dînimizde, cemâat ile namaz kılmayı terk edenin mahkemedeki şâhidliği makbûl değildir. Bunun üzerine Yıldırım Bâyezîd Han hemen oturduğu sarayın yanına bir câmi inşâ ettirerek, beş vakit namazı, cemâati hiç terk etmeden kılmağa başladı.